Open science discovery of potent noncovalent SARS-CoV-2 main protease inhibitors

We report the results of the COVID Moonshot, a fully open-science, crowdsourced, and structure-enabled drug discovery campaign targeting the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) main protease. We discovered a noncovalent, nonpeptidic inhibitor scaffold with lead-like properties that is differentiated from current main protease inhibitors. Our approach leveraged crowdsourcing, machine learning, exascale molecular simulations, and high-throughput structural biology and chemistry. We generated a detailed map of the structural plasticity of the SARS-CoV-2 main protease, extensive structure-activity relationships for multiple chemotypes, and a wealth of biochemical activity data. All compound designs (>18,000 designs), crystallographic data (>490 ligand-bound x-ray structures), assay data (>10,000 measurements), and synthesized molecules (>2400 compounds) for this campaign were shared rapidly and openly, creating a rich, open, and intellectual property-free knowledge base for future anticoronavirus drug discovery.

Errataetall:

CommentIn: Nat Rev Drug Discov. 2024 Jan;23(1):22. - PMID 38040790

Medienart:

E-Artikel

Erscheinungsjahr:

2023

Erschienen:

2023

Enthalten in:

Zur Gesamtaufnahme - volume:382

Enthalten in:

Science (New York, N.Y.) - 382(2023), 6671 vom: 10. Nov., Seite eabo7201

Sprache:

Englisch

Beteiligte Personen:

Boby, Melissa L [VerfasserIn]
Fearon, Daren [VerfasserIn]
Ferla, Matteo [VerfasserIn]
Filep, Mihajlo [VerfasserIn]
Koekemoer, Lizbé [VerfasserIn]
Robinson, Matthew C [VerfasserIn]
COVID Moonshot Consortium‡ [VerfasserIn]
Chodera, John D [VerfasserIn]
Lee, Alpha A [VerfasserIn]
London, Nir [VerfasserIn]
von Delft, Annette [VerfasserIn]
von Delft, Frank [VerfasserIn]
Achdout, Hagit [VerfasserIn]
Aimon, Anthony [VerfasserIn]
Alonzi, Dominic S [VerfasserIn]
Arbon, Robert [VerfasserIn]
Aschenbrenner, Jasmin C [VerfasserIn]
Balcomb, Blake H [VerfasserIn]
Bar-David, Elad [VerfasserIn]
Barr, Haim [VerfasserIn]
Ben-Shmuel, Amir [VerfasserIn]
Bennett, James [VerfasserIn]
Bilenko, Vitaliy A [VerfasserIn]
Borden, Bruce [VerfasserIn]
Boulet, Pascale [VerfasserIn]
Bowman, Gregory R [VerfasserIn]
Brewitz, Lennart [VerfasserIn]
Brun, Juliane [VerfasserIn]
Bvnbs, Sarma [VerfasserIn]
Calmiano, Mark [VerfasserIn]
Carbery, Anna [VerfasserIn]
Carney, Daniel W [VerfasserIn]
Cattermole, Emma [VerfasserIn]
Chang, Edcon [VerfasserIn]
Chernyshenko, Eugene [VerfasserIn]
Clyde, Austin [VerfasserIn]
Coffland, Joseph E [VerfasserIn]
Cohen, Galit [VerfasserIn]
Cole, Jason C [VerfasserIn]
Contini, Alessandro [VerfasserIn]
Cox, Lisa [VerfasserIn]
Croll, Tristan Ian [VerfasserIn]
Cvitkovic, Milan [VerfasserIn]
De Jonghe, Steven [VerfasserIn]
Dias, Alex [VerfasserIn]
Donckers, Kim [VerfasserIn]
Dotson, David L [VerfasserIn]
Douangamath, Alice [VerfasserIn]
Duberstein, Shirly [VerfasserIn]
Dudgeon, Tim [VerfasserIn]
Dunnett, Louise E [VerfasserIn]
Eastman, Peter [VerfasserIn]
Erez, Noam [VerfasserIn]
Eyermann, Charles J [VerfasserIn]
Fairhead, Michael [VerfasserIn]
Fate, Gwen [VerfasserIn]
Fedorov, Oleg [VerfasserIn]
Fernandes, Rafaela S [VerfasserIn]
Ferrins, Lori [VerfasserIn]
Foster, Richard [VerfasserIn]
Foster, Holly [VerfasserIn]
Fraisse, Laurent [VerfasserIn]
Gabizon, Ronen [VerfasserIn]
García-Sastre, Adolfo [VerfasserIn]
Gawriljuk, Victor O [VerfasserIn]
Gehrtz, Paul [VerfasserIn]
Gileadi, Carina [VerfasserIn]
Giroud, Charline [VerfasserIn]
Glass, William G [VerfasserIn]
Glen, Robert C [VerfasserIn]
Glinert, Itai [VerfasserIn]
Godoy, Andre S [VerfasserIn]
Gorichko, Marian [VerfasserIn]
Gorrie-Stone, Tyler [VerfasserIn]
Griffen, Ed J [VerfasserIn]
Haneef, Amna [VerfasserIn]
Hassell Hart, Storm [VerfasserIn]
Heer, Jag [VerfasserIn]
Henry, Michael [VerfasserIn]
Hill, Michelle [VerfasserIn]
Horrell, Sam [VerfasserIn]
Huang, Qiu Yu Judy [VerfasserIn]
Huliak, Victor D [VerfasserIn]
Hurley, Matthew F D [VerfasserIn]
Israely, Tomer [VerfasserIn]
Jajack, Andrew [VerfasserIn]
Jansen, Jitske [VerfasserIn]
Jnoff, Eric [VerfasserIn]
Jochmans, Dirk [VerfasserIn]
John, Tobias [VerfasserIn]
Kaminow, Benjamin [VerfasserIn]
Kang, Lulu [VerfasserIn]
Kantsadi, Anastassia L [VerfasserIn]
Kenny, Peter W [VerfasserIn]
Kiappes, J L [VerfasserIn]
Kinakh, Serhii O [VerfasserIn]
Kovar, Boris [VerfasserIn]
Krojer, Tobias [VerfasserIn]
La, Van Ngoc Thuy [VerfasserIn]
Laghnimi-Hahn, Sophie [VerfasserIn]
et al [Sonstige Person]

Links:

Volltext

Themen:

3C-like proteinase, SARS-CoV-2
Coronavirus 3C Proteases
Coronavirus Protease Inhibitors
EC 3.4.22.-
EC 3.4.22.28
Journal Article

Anmerkungen:

Date Completed 30.11.2023

Date Revised 20.04.2024

published: Print-Electronic

CommentIn: Nat Rev Drug Discov. 2024 Jan;23(1):22. - PMID 38040790

Citation Status MEDLINE

doi:

10.1126/science.abo7201

funding:

Förderinstitution / Projekttitel:

PPN (Katalog-ID):

NLM364356561