Architektur von PubPharm

Die PubPharm Rechercheplattform ist ein auf der Open Source Software Qcovery / VuFind basierendes Discovery-System. Diese Systeme sind moderne Bibliothekskataloge, die auf Suchmaschinentechnologie basieren. Die Daten werden in einem einzigen Suchindex zusammengeführt, um sie integriert durchsuchbar zu machen. Ziel des Qcovery-Verbundes ist es ein auf verschiedene Use Cases einfach anpassbares Discovery-System zur Verfügung zu stellen, so dass der Anpassungsaufwand durch Programmierung reduziert wird. Das Backend, also der zentrale Suchindex K10plus-Zentral, liegt bei der Verbundzentrale des Gemeinsamen Bibliotheksverbundes in Göttingen. Die PubPharm-Architektur lässt sich in drei Schichten unterteilen: Datenquellen, Datenmanagement und Frontend.

• Datenquellen: PubPharm stützt sich zum einen auf bibliographische Daten als Grundlage der Recherche und zum anderen auf die Einbindung von Normdaten (aus der Wirkstoffdatenbank DrugBank und den Medical Subject Headings) für die Rechercheunterstützung, z.B. zur Generierung von Suchvorschlägen, aus den angegebenen Quellen.
• Datenmanagement: Die Daten der verschiedenen Quellen werden über die Infrastruktur der Verbundzentrale des Gemeinsamen Bibliotheksverbundes in einen Index (Apache Solr Cloud) überführt, um sie durchsuchbar zu machen. Zu den Datenquellen gehören u.a. die gesamten Daten der Fachdatenbank Medline (PubMed), Pharmazie- und Chemiebestände der Universitätsbibliothek Braunschweig, Studienregister, Preprint-Archive sowie vom FID Pharmazie lizenzierte Fachzeitschriften. Mit einer Suchanfrage können daher z.B. passende Journal-Artikel, Preprints, klinische Studien und Lehrbücher oder Dissertationen (aus Beständen der meisten deutschen Universitätsbibliotheken und zusätzlich internationale Dissertationen) gefunden werden. Damit wird die Notwendigkeit der individuellen Suche in mehreren Datenbanken reduziert.
• Frontend: Die Rechercheplattform basiert auf der Open Source-Software Qcovery/VuFind und ist über das neue PubPharm-Portal (Basis: TYPO3) erreichbar. In dieses sind ebenfalls alle weiteren Services (z.B. Social-Media-Kanäle) eingebunden.

Volltextzugriff

Im Suchindex sind für jeden Treffer Metadaten gespeichert. Das heißt, es gibt dort Angaben zum Titel, Autor, Erscheinungsjahr, Dokumenttyp etc. Aus diesen Daten wird die Trefferansicht generiert, die bei einer Suche angezeigt wird. Metadaten enthalten (meist) keine Volltexte. Bei elektronischen Ressourcen (E-Book, E-Artikel) ist oft in den Metadaten ein Link zum Volltext angegeben, oder es gibt Angaben, aus denen ein Volltextlink generiert werden kann. Dieser wird angezeigt, sodass Sie direkt zur Veröffentlichung gelangen können. Der Zugriff auf den Volltext ist abhängig von vielen Faktoren, z.B. ob dieser Open Access verfügbar ist oder von der lokalen Einrichtung lizenziert ist (siehe nächster Abschnitt).

Es kommt vor, dass die Metadaten keine Informationen zum Volltextlink enthalten. In diesen Fällen müssen Sie sich beispielweise über die Journal-Homepage, Jahrgang und Issue zum gewünschten Artikel „durchklicken“.

Verfügbarkeitsprüfung

Abhängig vom Standort der Suchanfrage wird angezeigt, ob zu einem Treffer kostenfreier Volltextzugriff möglich ist. Hierzu wird eine Verfügbarkeitsprüfung basierend auf der IP-Adresse der Suchanfrage genutzt.

Die Prüfung erfolgt schrittweise. Im ersten Schritt wird ermittelt, ob die Publikation Open Access bzw. frei zugänglich ist. Falls es sich um einen Journal-Artikel handelt, wird im folgenden Schritt geprüft, ob der Artikel durch die Universitätsbibliothek am jeweiligen Standort lizenziert ist. Hierfür wird ein Linkresolver verwendet, der dies für IP-Adressen der meisten akademischen Einrichtungen aus Deutschland, Österreich und der Schweiz überprüfen kann. Falls man sich nicht im Hochschulnetz befindet, ist es deshalb wichtig, sich für den Volltextzugriff über VPN o.ä. einzuwählen. Zusätzlich zur Abfrage nach der Verfügbarkeit einer elektronischen Lizenz kann auch die Verfügbarkeit von Druckbeständen in der jeweiligen Einrichtung abgefragt werden. Im nächsten Schritt wird geprüft, ob der Treffer vom FID Pharmazie lizenziert wurde (FID-Lizenzen).  Sollte kein direkter Volltextzugriff möglich sein, wird, sofern verfügbar, eine Verlinkung zum kostenpflichtigen Dokumentenlieferdienst "subito" (https://www.subito-doc.de/) angeboten. Alternativ kann eine Anfrage an den FID Pharmazie gesendet werden. Der FID Pharmazie wird dann ermitteln, ob und wie ein Zugriff zum Volltext möglich ist.

Suchoperatoren

• Normale Suche
  Bei einer Standardsuche wird nach dem Suchbegriff und nach ähnlichen Begriffen mit gleichem Wortstamm gesucht (basierend auf Porter Snowball).
• Suche mit Platzhaltern (Trunkierung oder Wildcards)
  Bei der Suche kann ein * als Platzhalter für eine beliebige Anzahl an Zeichen, an beliebiger Stelle oder am Wortende, verwendet werden. Es kann nicht als allererstes Zeichen eines Begriffes genutzt werden. Es wird prinzipiell nach Suchbegriffen gesucht, die den gleichen Wortanfang haben. Zum Beispiel finden Sie bei einer Suche nach hyperic* Treffer mit Hypericum, Hypericin oder Hypericaceae. Wird ein ? als Platzhalter an beliebiger Stelle oder am Wortende verwendet, steht dieses für exakt ein Zeichen. Ein ? ist nicht als Platzhalter direkt am Wortanfang möglich.
• Exakte Wort- oder Phrasensuche mittels Anführungszeichen
  Mit der Phrasensuche "..." wird exakt nach der angegebenen Wortfolge gesucht. Wildcards/Trunkierungen (*, ?) innerhalb von Anführungszeichen werden nicht unterstützt. In diesen Fällen wird nach einem * bzw. ? gesucht. Eine Phrasensuche kann z.B. verwendet werden, wenn Suchbegriffe unmittelbar hintereinander stehen sollen ("capillary electrophoresis", "chiral separation"). Dies ist auch bei der Autorensuche hilfreich: "Steinhilber, Dieter" OR "Steinhilber, D".
• Verwendung von Wortabstandsoperatoren
  Eine Wortabstandssuche kann durch Anfügen einer Tilde (~) und eines numerischen Wertes an die Suchphrase ausgelöst werden. Um z.B. nach „meta“ und „analysis“ mit maximal zwei dazwischenliegenden Worten zu suchen, geben Sie diese Suchanfrage ein: "meta analysis"~2.

Kombination von Suchbegriffen (Boolesche Operatoren)
Boolesche Operatoren ermöglichen es, Suchbegriffe zu verknüpfen. Es kann z.B. nach Titeln gesucht werden, die mehrere Suchbegriffe enthalten, die entweder den einen oder den anderen Suchbegriff enthalten oder die einen Suchbegriff enthalten und einen anderen nicht. Die Verwendung von Klammern ermöglicht es, Suchanfragen passend zu verfeinern. Im Folgenden finden Sie eine Erläuterung der einzelnen Operatoren:

• AND
  Die AND-Verknüpfung (logisches UND) wird standardmäßig verwendet. Das bedeutet, dass die AND-Verknüpfung verwendet wird, wenn zwischen zwei Wörtern kein Operator gesetzt wird. Wenn Sie Wörter mit AND verbinden, erhalten Sie Treffer, in denen alle Wörter vorhanden sind. Beispiel: Sie suchen nach Titeln, in welchen die Wörter hot und melt und extrusion enthalten sind: hot melt extrusion entspricht hot AND melt AND extrusion.
• OR
  Steht eine OR-Verknüpfung (logisches ODER) zwischen zwei Wörtern, so erhalten Sie Treffer, in welchen eines oder beide Wörter gefunden werden. Beispiel: Sie suchen nach Titeln, in welchen die Wörter aspirin oder warfarin enthalten sind: aspirin OR warfarin.
• NOT oder -
  Sie können den NOT-Operator einsetzen, um Treffer auszuschließen, die dieses Wort enthalten. Beispiel: Sie wollen nach Titeln suchen, welche das Wort hypericum, aber nicht das Wort perforatum enthalten: hypericum NOT perforatum. Das gleiche Ergebnis erhalten Sie mit hypericum -perforatum.

Verwendung von Klammern

• Bei komplexeren Anfragen ist die Verwendung von Klammern hilfreich, um Suchbegriffe und Operatoren gruppieren zu können. Sie suchen z.B. Publikationen, die die Phrasen (siehe oben Exakte Wort- oder Phrasensuche mittels Anführungszeichen) "vitamin c" oder "ascorbic acid" enthalten und zugleich encapsulation, microencapsulation, microsphere: ("vitamin c" OR "ascorbic acid") AND (encapsulation OR microencapsulation OR microsphere). Es ist wichtig, bei solchen komplexen Suchanfragen Klammern zu verwenden und zwischen allen Suchbegriffen einen Operator einzufügen. Werden NOT, - oder OR irgendwo in der Suchanfrage verwendet, werden Suchbegriffe zwischen denen kein Operator steht, bei der Suche mit einem AND verbunden. Des Weiteren kann die Erweiterte Suche zur strukturierten Eingabe von komplexeren Anfragen verwendet werden. Anfragen sind auf eine Eingabe von maximal 500 Zeichen in der zentralen Eingabezeile beschränkt.

Verfeinern der Suche durch Eingrenzen und Sortieren der Treffer (vgl. Pfeil 1)

• Sortierung ändern
  Standardmäßig werden die Treffer nach Erscheinungsdatum (neueste Treffer zuerst) sortiert. Sortierungen nach Relevanz (zur Suchanfrage passendster Artikel zuerst), älteste Treffer zuerst, Verfasser:in (in alphabetisch aufsteigender Reihenfolge) oder Zeitschriftentitel sind auch möglich (vgl. Pfeil 2). Die Anzahl der auf einer Seite angezeigten Treffer kann von 10 auf 20 bzw. 50 Treffer erweitert werden.
• Sortieren nach Relevanz
  Die Sortierung nach Relevanz wird durch einen speziellen Algorithmus ermöglicht. Eine hohe Gewichtung bekommen dabei u.a. Themen (Schlag- und Stichwörter), Name vom Hauptautor und Titel. Niedrige Gewichtung haben beispielsweise Volltext, der Verlag, ISBN und ISSN.

Filterfunktionen
Eine große Treffermenge lässt sich durch Filter gezielt verkleinern: Die Treffer können nach Medienart, Zeitschriftentitel, Erscheinungsjahr, Thema oder Sprache gefiltert werden (vgl. Pfeil 4). Des Weiteren werden Checkbox-Filter zur Einschränkung auf klinische Studien (ja/nein) aus dem Studienregister ClinicalTrials.gov und der International Clinical Trials Registry Platform (ICTRP) der WHO, Patente (ja/nein), systematische Reviews (ja/nein) und aktuelle Publikationen mit einem Fokus auf COVID-19/SARS-CoV-2 angeboten (vgl. Pfeil 3). Über den Filter "Systematic Reviews" werden Treffer erzielt, die "systemat" und "review" in ihrem Titel aufweisen. Aus der Treffermenge können zudem über Checkbox-Filter systematische Reviews, klinische Studien und Patente ausgeschlossen werden. Die verschiedenen Filter lassen sich (logisch) untereinander kombinieren und werden dabei mit einem logischen UND verknüpft.
Durchgeführte Suchen und Filtereinstellungen lassen sich im Suchverlauf wieder aufrufen und im persönlichen Konto speichern (vgl. auch Wie kann ich Merklisten und Exportfunktionen nutzen?).

Sie sehen auf einen Blick anhand des Icons, um welche Ressource es sich handelt (z.B. Journal-Artikel, vgl. Pfeil 1). Zudem werden der Titel, weiterführende Informationen zu der jeweiligen Ressource (z.B. Zeitschriftentitel, Erscheinungsjahr usw.), die ersten drei Autoren und das Ergebnis der Verfügbarkeitsprüfung (Volltextverfügbarkeit, siehe auch Welche technischen Details stecken hinter PubPharm?) angezeigt.

Ergänzend werden Informationen zu Zitationsstatistiken und zum Social Media Impact der Ressource, die von der Datenbank Dimensions und von Altmetric zur Verfügung gestellt werden, verlinkt (vgl. Pfeil 2 und Pfeil 3). Diese Daten sind für jede Ressource in PubPharm verfügbar, sofern Informationen zum Digital Object Identifier (DOI) vorliegen und diese mindestens einmal zitiert bzw. in sozialen Netzwerken erwähnt wurde. Bei jeder neuen Suche werden die Zitationsinformationen dynamisch beim jeweiligen Anbieter abgefragt und sind dadurch tagesaktuell. Durch Klicken auf das Dimensions Zitationsicon gelangen Sie auf die Seite von Dimensions, auf der die zitierenden Artikel aufgelistet sind. Altmetric bietet Informationen zur Social Media Resonanz des gesuchten Artikels. Alle Beiträge sind einzeln anklickbar und können auf der Webseite vom jeweiligen Anbieter detailliert studiert werden.

In der Detailansicht finden Sie ausführliche Informationen über den jeweiligen Treffer. Sofern im Datensatz vorhanden, finden Sie hier bei allen Ressourcen:

• Einen Abstrakt bzw. Gliederung in Objectives, Results, Conclusions
• Eine Liste aller Autoren
• Unter "Themen" sind Stichworte/Schlagworte zum jeweiligen Treffer aufgelistet.
• Angaben zum Treffer wie ISSN-/ISBN-Nummern, Erscheinungsjahr, DOI, Angaben zur Quelle/zum Copyright

Je nach Ressource finden Sie in der Detailansicht außerdem weitere Angaben:

Journal-Artikel

• Unter "Zugang & Verfügbarkeit" und "Links" finden Sie ggf. mehrere Links zum Volltext. Die standortabhängige Verfügbarkeit ist dort jeweils angegeben.

Zeitschriftentitel

• Unter "Zugehörige Publikationen/Bände" finden Sie alle Artikel der Zeitschrift.

Buch / E-Book

• Bei E-Books finden Sie unter "Zugang & Verfügbarkeit" ggf. mehrere Links zum Volltext.
• Bei Büchern und E-Books, die nicht Open Access verfügbar sind, erfolgt keine standortabhängige Verfügbarkeitsprüfung.
• Unter "Links" gibt es oft einen Link zum Inhaltsverzeichnis des Buches.

Klinische Studien

• Zu jeder klinischen Studie enthält der Eintrag in PubPharm den Titel und den Kurztitel der Studie, sofern verfügbar eine kurze Studienbeschreibung, Studienphase sowie -status und die Identifikationsnummern. Über den Direktlink unter "Zugang & Verfügbarkeit" kann der gesamte Eintrag im Studienregister abgerufen werden.

Patente

• Unter "Themen" finden Sie Angaben zur Patentklassifikation und unter "Patentnummer" die Identifikationsnummer(n). Über den Direktlink unter "Zugang & Verfügbarkeit" kann der gesamte Eintrag auf der Seite des Europäischen Patentamtes eingesehen werden.

Warum gibt es in der Detailansicht oft nicht nur einen Link zum Volltext, sondern mehrere?

In der Detailansicht werden alle Links angezeigt, die im Datensatz zum jeweiligen Treffer hinterlegt sind. Die standortabhängige Verfügbarkeit ist jeweils gekennzeichnet. Je nachdem, zu welchem Nutzerkreis Sie gehören, können verschiedene Links interessant sein (nähere Informationen hierzu siehe Abschnitt Wie bekomme ich den Volltext eines Treffers?).

In der Trefferliste wird Ihnen über das Ergebnis der Verfügbarkeitsprüfung angezeigt, ob der Volltext eines Treffers direkt (kostenfrei) zur Verfügung steht (siehe auch Welche technischen Details stecken hinter PubPharm?) Die Verfügbarkeitsprüfung erfolgt anhand der IP-Adresse der Suchanfrage und ermöglicht so die Anzeige von Volltextzugriffsmöglichkeiten am jeweiligen Standort.

Falls möglich wird jeweils der direkte Link zum Volltext angezeigt. In manchen Fällen ist technisch nur eine Verlinkung zur Zeitschriftenseite möglich. Hier kann der gewünschte Artikel dann anhand des Jahrgangs, Issues etc. herausgesucht werden. Nachfolgend finden Sie eine Übersicht über die verschiedenen Zugriffsmöglichkeiten, die in PubPharm angezeigt werden:

Was kann ich tun, wenn ich den Volltext eines Journal-Artikels benötige, dieser aber nicht direkt zugänglich ist?

• Falls Sie die Möglichkeit dazu haben, lohnt es sich, sich über das IP-Netz einer deutschen Universität einzuwählen (z.B. über VPN). Die Verfügbarkeit wird standortabhängig (anhand der IP-Adresse) geprüft. Es könnte sein, dass der gewünschte Artikel von Ihrer Universitätsbibliothek lizenziert wurde und somit für Sie verfügbar ist.
• Es lohnt sich die Zeitschrift, in der der gewünschte Artikel enthalten ist, im lokalen Bibliothekskatalog als Print-Version zu suchen. Ist die gewünschte Zeitschrift am eigenen Standort nicht vorhanden, kann der Artikel per Fernleihe bei der lokalen Bibliothek bestellt werden. Alternativ kann der Volltext, sofern verfügbar, über den kostenpflichtigen Dokumentenlieferdienst "subito" bestellt werden.
• In der Detailansicht eines Treffers sind oft mehrere Links angegeben. Es lohnt sich, diese zu überprüfen. Bei der Abfrage der Verfügbarkeit können aus technischen Gründen nicht alle Links untersucht werden. Es ist aber möglich, dass einer der anderen angegebenen Links freien Zugriff auf den Volltext bietet.
• Es kann sich lohnen, nach dem Titel des gewünschten Artikels in einer anderen Suchmaschine zu suchen, z.B. bei Google Scholar. Die Volltexte mancher Artikel sind über institutionelle Repositorien oder in sozialen Netzwerken frei verfügbar.
• Beim Volltextzugang zu Print-Versionen sämtlicher in PubPharm zu findender Artikel kann der FID Pharmazie mit zielführenden Hinweisen behilflich sein. Senden Sie hierzu bitte eine Anfrage an pubpharm [at] tu-braunschweig.de.

Was kann ich tun, wenn ich den Volltext eines Buches (Print oder E-Book) oder eines gedruckten Journal-Artikels benötige?

• Die Verfügbarkeitsprüfung erfolgt nicht für gedruckte Bücher. Bei E-Books wird nur die Open-Access-Verfügbarkeit überprüft. Das heißt, es lohnt sich, das gewünschte Buch im lokalen Bibliothekskatalog zu suchen. Ist das gewünschte Buch dort nicht vorhanden, kann es per Fernleihe bei der lokalen Bibliothek bestellt werden. Alternativ können das Buch bzw. Teilkopien, sofern verfügbar, über den kostenpflichtigen Dokumentenlieferdienst "subito" bestellt werden.
• Für gedruckte Journal-Artikel lohnt es sich die Zeitschrift, in der der gewünschte Artikel enthalten ist, im lokalen Bibliothekskatalog zu suchen. Ist die gewünschte Zeitschrift am eigenen Standort nicht vorhanden, kann der Artikel per Fernleihe bei der lokalen Bibliothek bestellt werden. Alternativ kann der Volltext, sofern verfügbar, über den kostenpflichtigen Dokumentenlieferdienst "subito" bestellt werden.

Merklisten

• Durch Klicken auf den Favoriten-Button (Stern, vgl. Pfeil 1) lassen sich einzelne Treffer der Favoritenliste zufügen (vgl. Pfeil 2). Von dieser aus ist es möglich, alle oder ausgewählte Titel zu exportieren, zu drucken, als Linkliste per E-Mail zu versenden oder in einer permanenten Liste im Benutzerkonto (kostenloser Account) zu speichern (vgl. Pfeil 3).   
• Sie können Favoritenlisten grundsätzlich in einer Browser-Session ohne Anmeldung erstellen. Zur Speicherung und späteren Bearbeitung dieser Listen ist ein persönlicher Account notwendig.

Persönlicher Account

• Sie können sich einen kostenlosen persönlichen Account anlegen, um Merklisten (Favoritenlisten) und Suchanfragen über den Suchverlauf zu speichern.
• Der Account wird unter "Mein Konto" und "Neues Konto anlegen" erstellt (vgl. Pfeil 1 und Pfeil 2).
• Einträge der Favoritenliste können über "Speichern" in eine neue oder bestehende Liste übertragen werden. Treffer einer Liste können anhand "Titel", "Verfasser", "Neuste zuerst" und "Älteste zuerst" sortiert werden.
• Ausgewählte Einträge einer Liste können per E-Mail versandt oder für z.B. ein Literaturverwaltungsprogramm exportiert werden.

Wofür kann ich die Exportfunktion nutzen?

• Treffer lassen sich z.B. für ein Literaturverwaltungsprogramm (z.B. Citavi, EndNote, Mendeley oder Zotero) exportieren (vgl. Pfeil 1). Ein Literaturverwaltungsprogramm oder Referenzmanager enthält eine Datenbank, in die (Meta-)Daten von Publikationen importiert und dort verwaltet werden können. Die Verknüpfung mit einem Textverarbeitungsprogramm ermöglicht es, Referenzen und Literaturlisten automatisch in einem bestimmten Zitationsstil einzufügen.
• BibTex, EndNote, EndNoteWeb, RefWorks, MARC, MARCXML und RIS werden als Exportformate angeboten. Darüber hinaus werden für jeden Treffer entsprechende ID, wie etwa DOI, sowie COinS in der Oberfläche so angeboten, dass Browsererweiterungen von Referenzmanagementtools, wie bspw. Citavi oder Zotero, diese erkennen und eine weitere Nutzung ermöglichen.

Wie kann ich automatisch über neu indexierte Treffer benachrichtigt werden?

• Ein RSS-Feed für eine Suchanfrage kann unterhalb der Trefferübersicht abgerufen und abonniert werden (vgl. Pfeil 2). Dieser zeigt neu hinzugekommene Einträge mit Titel und Erscheinungsjahr an. Zum Lesen des Feeds benötigen Sie einen sogenannten Feedreader. Diese sind kostenlos erhältlich.

Die erweiterte Suche kann für selektivere und komplexere Suchanfragen verwendet werden (Einstieg vgl. Pfeil 1). Es lässt sich einstellen, in welchen Indexfeldern (Metadaten) nach welchem Suchbegriff gesucht werden soll (vgl. Pfeil 4). Beispielsweise kann nach allen Publikationen eines Autors in einer bestimmten Zeitschrift gesucht werden.

Zur Einführung in die erweiterte Suche steht ein Video-Tutorial zur Verfügung (vgl. Pfeil 6).

Auswählbare Indexfelder

• Standardsuche: Suche in den Feldern mit den wesentlichen Inhalten: Person(en), Titel, Schlagworte, Abstrakt, Inhaltsverzeichnis, Verlagsname, ISBN, ISSN
• Titel: Der Suchbegriff wird im Titel gesucht, z.B. im Titel von Artikeln und Büchern.
• Zeitschriftentitel: Es wird im Titel von Zeitschriften gesucht. Auch Artikel aus dieser Zeitschrift werden angezeigt.
• Person: Es wird nach Autor:innen (inkl. Co-Autor:innen und anderen beteiligten Personen) gesucht.
• Verlag: Es wird nach dem Verlag gesucht (für Bücher und Zeitschriften).
• Thema: Es wird nach Publikationen zu einem bestimmten Thema gesucht. Jeder Artikel in PubPharm wird zu bestimmten Themen automatisch zugeordnet, die sich aus Schlag- und Stichwörtern ergeben. Diese Wörter stehen als Teil der Metadaten zum ausgewählten Artikel zur Verfügung. In den meisten Fällen wird mit Wörtern aus kontrolliertem Vokabular (wie z.B. Medical Subject Headings) gearbeitet. Alle aus der Medline im Suchindex befindlichen Datensätze sollten mit entsprechenden Einträgen aus den Medical Subject Headings versehen sein. Andere Datensätze können auch sowohl Einträge aus kontrolliertem Vokabular als auch Schlag- und Stichwörter enthalten.
• Volltext: Der Suchbegriff wird im Volltext gesucht. Es ist zu beachten, dass nicht für alle Publikationen Volltexte in der Datenbank hinterlegt sind.
• Inhaltsangabe: Es wird im Inhaltsverzeichnis gesucht.
• ISBN/ISSN: Es lässt sich gezielt nach der ISBN von Büchern oder ISSN von Zeitschriften suchen.
• Erscheinungsjahr: Es wird nach dem Erscheinungsjahr der Publikation gesucht.
• Index (Alle Felder): Zusätzlich zur Standardsuche werden weitere Felder, wie z.B. URLs durchsucht. Diese Suchfunktion bietet die umfassendste Suche.

Suchfelder

Innerhalb der Suchfelder (vgl. Pfeil 2 und Pfeil 3) können Sie Suchwörter mit den von PubPharm unterstützten Operatoren und Suchfunktionen kombinieren (vgl. Wie kann ich gezielter suchen?). Alle Suchfelder einer Suchgruppe können mit Booleschen Operatoren verknüpft werden.

• UND Gibt nur die Treffer zurück, die alle Wörter bzw. Phrasen aus dieser Suchgruppe enthalten.
• ODER Gibt die Treffer zurück, die ein Wort oder alle Wörter bzw. Phrasen aus dieser Suchgruppe enthalten.
• NICHT Gibt alle Treffer zurück, die nicht in dieser Suchgruppe angegebene Wörter oder Phrasen enthalten. Diese Suchbedingung funktioniert nur bei der Suche mit mindestens zwei Suchfeldern.

Suchgruppen

Manche Suchanfragen sind komplizierter und eine Suche über verschiedene Felder reicht nicht aus. Mit Suchgruppen können Sie Suchfelder zu einer Suche gruppieren: Mit "UND" oder "ODER" können Sie die Suchgruppen miteinander verknüpfen (vgl. Pfeil 5).

Beispiel

Sie wollen nach Titeln zu Bisoprolol und Captopril zur Behandlung der Hypertonie suchen:

• Fügen Sie in die Eingabefelder der ersten Suchgruppe die Begriffe "Bisoprolol" und "Hypertonie" ein und belassen Sie den "Suchoperator" für die Gruppe auf "UND".
• Fügen Sie eine weitere Suchgruppe hinzu und geben Sie dort die Begriffe "Captopril" und "Hypertonie" ein und belassen Sie den "Suchoperator" für die Gruppe auf "UND".
• Setzen Sie den Suchoperator für die Kombination der Suchgruppen auf "ODER".

Die Struktursuche ergänzt als besondere Funktion von PubPharm die textbasierte Suche. Sie basiert auf Daten der Datenbank PubChem, weiterführende Informationen finden Sie in diesem Abschnitt unter Hintergrundinfos: Was steckt hinter der Struktursuche?.

Zur Einführung in die Struktursuche steht ein Video-Tutorial zur Verfügung.

In der Struktursuche können chemische Verbindungen über einen Struktureditor anhand ihrer molekularen Struktur, über den internationalen Freinamen oder über Import von SMILES-/InChI-Code gesucht werden. Des Weiteren sind ausgehend von einer identifizierten Substanz Substruktur- und Ähnlichkeitssuchen möglich. Über verschiedene Verlinkungen (z.B. zu PubChem und der Wirkstoffdatenbank DrugBank) lassen sich weiterführende (Wirkstoff-)Informationen erhalten. Zu einer identifizierten Substanz können Publikationen in PubPharm gesucht werden.

Start der Suche

Es gibt folgende Suchmöglichkeiten:

• Verbindung im Editor zeichnen und mit "Search by Structure" suchen. Informationen zum Editor sind auf der Hilfeseite des in PubPharm verwendeten Open Source Epam Ketchers zu finden.
• Den Namen einer Substanz eingeben und die Suche mit "Search by Name" starten. Die gefundene Verbindung wird in den Editor geladen und kann dort ggf. auch modifiziert werden.
• Den InChI- oder SMILES-Code einer Verbindung eingeben und die Suche mit "Import Structure" starten. Die Struktur wird in den Editor geladen und kann ggf. bearbeitet werden.

Trefferanzeige

Wurde eine gesuchte Verbindung in der Datenbank gefunden, wird eine Kurzübersicht zum Treffer angezeigt. Diese enthält Informationen aus PubChem und, falls vorhanden, eine kurze Beschreibung aus der DrugBank. Neben den Kurzinformationen werden für jeden Treffer Verlinkungen zu den Einträgen in PubChem, DrugBank und der Datenbank ChEMBL (sofern vorhanden) sowie zur Suchoberfläche des Europäischen Patentamts angezeigt. Über "Search in PubPharm" kann direkt in PubPharm nach Publikationen über die Substanz gesucht werden, wobei die ersten 5 Synonyme aus PubChem in die Suche mit einbezogen werden.

Weitere Suchmöglichkeiten

Ausgehend von einer gefundenen Verbindung kann die Struktursuche fortgesetzt werden:

• Substruktursuche: Es wird nach Verbindungen gesucht, die die Substanz als Substruktur enthalten.
• Ähnlichkeitssuche: Es wird nach strukturähnlichen Verbindungen gesucht.

Die Suchresultate werden als Liste angezeigt. Jeder Treffer kann wieder als Ausgangsverbindung für neue Suchen verwendet werden. Über "Load into Editor" kann die Struktur in den Editor geladen und dort modifiziert werden.

Wurde im Editor eine Struktur eingegeben, für die keine passende Substanz in der Datenbank PubChem vorhanden ist, wird der Treffer mit "?" gekennzeichnet. Auch basierend auf dieser Verbindung kann eine Substruktur- und Ähnlichkeitssuche durchgeführt werden.

Hintergrundinfos: Was steckt hinter der Struktursuche?

Die Struktursuche basiert auf Daten und Open-Source-Tools der Datenbank PubChem. Über die PUG REST API werden die Suchresultate ermittelt und zur Anzeige aufbereitet. Sowohl die Substanzsuche (basierend auf der in den Editor eingegebenen Struktur oder Namenssuche) als auch Substruktur- und Ähnlichkeitssuche erfolgen über die PubChem PUG REST API. Es werden somit die bei PubChem verwendeten Suchparameter und, wo notwendig, PubChem Fingerprints genutzt.

Bei der Wirkstoffsuche und Suche nach Erkrankungen/Symptomen werden, sofern verfügbar (d.h. dass eine gewisse Anzahl an Literaturstellen vorliegen muss), Vorschlagslisten kontextähnlicher „verwandter Substanzen“, „verwandter Erkrankungen“ und „verwandter Gene“ generiert. Bei der Suche nach dem Inhibitor der Dipeptidylpeptidase-4 Sitagliptin werden beispielsweise unter den verwandten Substanzen weitere Arzneistoffe gelistet, die zur Behandlung des Diabetes mellitus eingesetzt werden, z.B. Metformin und Exenatide. Ein weiteres Beispiel für die Generierung verwandter Substanzen ist die Auflistung von Kinaseinhibitoren bei der Suche von Vemurafenib in PubPharm. Weiterführende Informationen können über Verlinkungen zu den Datenbanken UniProt und KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) erhalten werden. Zudem kann die Suche, je nach Informationsbedarf, in der Struktursuche, den Drug Overviews oder im Narrativen Service fortgeführt werden.
Diese Vorschlagsfunktion wurde vom Institut für Informationssysteme entwickelt und basiert auf Machine-Learning-Technologien (weiterführende Informationen). Es werden durch Text-Mining-Verfahren bioaktive Verbindungen in Zusammenhang mit korrespondierenden Erkrankungen und Genen gebracht. Dabei wird die Anzahl an wissenschaftlichen Veröffentlichungen gezählt, die Wirkstoffe, Erkrankungen und Gene in Verbindung setzen. Die häufigsten Assoziationen werden in den Vorschlagslisten angezeigt. Ein Klick auf „Drug Overviews“ bzw. "Narrativer Service" leitet dann zu einer gezielten Suche nach eben dieser Literatur weiter.

Der Narrative Service (ein Alleinstellungsmerkmal von PubPharm)  ermöglicht eine präzise und strukturierte Literatursuche, indem die Beziehungen zwischen verschiedenen pharmazeutischen Konzepten (u.a. Wirkstoffe, Arzneiformen, Pflanzenfamilien, Targets, (Labor-)Methoden, u.v.a.m.) in der Suchanfrage definiert werden können.

Dafür geben Sie Ihren Informationsbedarf (Forschungsfrage) im Detail in Form einer Subjekt-Prädikat-Objekt Beziehung in die zentrale Eingabezeile ein. Zudem können strukturierte Literaturübersichten über die Verwendung von Variablen zu pharmazeutisch-relevanten Konzepten als Subjekt oder Objekt generiert werden.

Zur Einführung in den Narrativen Service stehen verschiedene Video-Tutorials zur Verfügung. Weiterführende Hintergrundinformationen zum Narrativen Service finden Sie hier.

Suchen im Narrativen Service

Query Builder

• Schritt 1: Zu Beginn muss die Anfrage formuliert werden. Der Narrative Service ermöglicht die gezielte Suche nach Interaktionen zwischen pharmazeutischen Konzepten wie Wirkstoffen, Erkrankungen und Targets. Dazu müssen in der Eingabemaske (vgl. Pfeil 1) zunächst die entsprechenden Konzepte (hier Metformin und Disease) eingegeben werden. Die Eingabe der Konzepte wird dabei mit entsprechenden Vorschlägen (Autovervollständigung) unterstützt. Ebenfalls können Sie über den "Browse"-Button eine Übersicht über die Variablen/Platzhalter erhalten. Anschließend muss die gesuchte Interaktion (hier treats) ausgewählt werden.  
• Schritt 2: Sie können die Suche starten, indem Sie auf "Search" (vgl. Pfeil 2) klicken. Alternativ können Sie über "Add" die gewünschte Interaktion zu der aktuellen Anfrage hinzufügen, um dann weitere Interaktionen einzugeben. Eine Suche nach mehreren Interaktionen erlaubt komplexere Anfragen. Alle gesuchten Interaktionen in der Anfrage müssen dann gemeinsam in den entsprechenden Dokumenttreffern vorhanden sein (Logisches UND).   
• Schritt 3: Nach erfolgreicher Suche können Sie die Ergebnisse sichten (vgl. Pfeil 3). In der Beispielsuche wurde nach Erkrankungen gesucht, die mit Metformin therapiert werden. In diesem Fall ist die Antwort eine geschachtelte Liste: 4546 Dokumente thematisieren die Behandlung von Diabetes mellitus und 4118 Dokumente die Behandlung von Diabetes mellitus Typ 2. Mit einem Klick auf eine solche Gruppe können die einzelnen Treffer gesichtet werden.
  Ein wichtiger Hinweis: Alle angezeigten Assoziationen wurden automatisiert aus der Literatur extrahiert. Dabei können mögliche falsche Extraktionen leider nicht ausgeschlossen werden.   
• Schritt 4: Erscheint ein Dokument als besonders relevant, können Sie sich mit einem Klick auf den bunten Graphen den Inhalt des Dokuments anzeigen lassen (vgl. Pfeil 4). Der Narrative Service visualisiert dann den Titel, Abstract sowie Autoren und weitere Metadaten. Detektierte Konzepte werden dabei in den Texten farblich hervorgehoben, sodass Sie eine schnelle Übersicht über den Inhalt des Artikels erhalten. Auf der rechten Seite wird eine Graph-Struktur visualisiert, die Interaktionen zwischen Konzepten anzeigt, die aus dem entsprechenden Dokument extrahiert wurden. Mit einem Klick auf die ID des Dokuments werden Sie zur PubPharm-Suche weitergeleitet. Eine weitere Funktion ist der sogenannte "Provenance"-Button. Ein Klick auf diesen zeigt Ihnen die Textstelle aus dem entsprechenden Dokument an, die Ihre gesuchte Interaktion unterstützt.
• Schritt 5: Der Narrative Service verfügt zudem über diverse Filterfunktionen (vgl. Pfeil 5). Beispielsweise kann die Suche zeitlich beschränkt werden (Datum der Veröffentlichung). Ebenso können Sie mittels eines Freitextfeldes die Dokumenttreffer weiter filtern, indem Sie nach Wortphrasen in den Titeln suchen.

Keyword Search

Ist die Interaktion zwischen Suchwörtern noch unklar, kann alternativ über "Keyword Search" eine Suche gestartet werden. Bei dieser Suchoption können die pharmazeutischen Konzepte (z.B. Wirkstoffe, Erkrankungen und Targets) ohne Auswahl eines Prädikates in die Eingabezeile eingegeben werden. Jedes Konzept (Suchwort) wird dabei im Detail einzeln eingegeben und mit der Entertaste oder über den "Add"-Button bestätigt. Nach dem "Klick" auf "Search" werden mögliche Interaktionsmuster, mit unterschiedlichen Prädikaten, vorgeschlagen. Ein "Klick" auf das gewünschte Interaktionsmuster startet die Literatursuche.

Nachfolgend sehen Sie eine Beispielsuche mit den Konzepten Metformin und Diabetes mellitus. 

Der Service Drug Overviews (ein Alleinstellungsmerkmal von PubPharm) ist eine Erweiterung des Narrativen Service. Sie können in diesem Service gezielt nach einem Wirkstoff suchen und erhalten (I) vorhandene Informationen aus der Fachdatenbank ChEMBL (u.a. pkA- und logP-Werte, Molekülmasse, etc.) und (II) extrahierte Assoziationen aus der Fachliteratur (u.a. Interaktionen mit anderen Wirkstoffen, Informationen zu Targets und Labormethoden sowie Indikationen und Arzneiformen).

Zur Einführung in die Drug Overviews steht hier ein Video-Tutorial zur Verfügung. Informationen zum jeweiligen Wirkstoff werden in den Drug Overviews auch in Netzwerkansichten visualisiert.  Ein Video-Tutorial zur Einführung in dieses Feature kann hier abgerufen werden. Weiterführende Hintergrundinformationen zu den Drug Overviews finden Sie hier.

Suchen in den Drug Overviews

• 1. Schritt: Die Drug Overviews sind wirkstoffzentrierte Übersichten, die aus der aktuellen Forschungsliteratur erzeugt werden. Dazu geben Sie in der Eingabemaske (vgl. Pfeil 1) einfach eine gewünschte aktive Substanz/einen Wirkstoff ein. Eine Vorschlagsfunktion/Autovervollständigung unterstützt Sie bei Ihrer Eingabe. 
• 2. Schritt: Sichtung des Steckbriefs. Die Drug Overviews fassen zunächst bekannte Eigenschaften eines Wirkstoffes wie die Molekulare Formel, die Masse, berechnete logP- und pKA-Werte zusammen (vgl. Pfeil 2). Ebenfalls wird der InChI-Code, ein Link zum entsprechenden Eintrag in der ChEMBL-Datenbank und eine Verlinkung zur PubPharm-Struktursuche angezeigt.  
• 3. Schritt: Exploration der Interaktionen und Assoziationen. Auf der linken Seite wird Ihnen eine Navigationsbar (Navigationsleiste) angezeigt (vgl. Pfeil 3), mit der Sie jederzeit zu den verschiedenen Anzeigen in den Drug Overviews gelangen. Ein Klick navigiert Sie an die entsprechende Stelle.
  Ein wichtiger Hinweis: Alle angezeigten Assoziationen wurden automatisiert aus der Literatur extrahiert. Dabei können mögliche falsche Extraktionen leider nicht ausgeschlossen werden. 

Drug-Target-Disease Netzwerke

Die Drug Overviews visualisieren extrahierte Assoziationen zu anderen Wirkstoffen, Erkrankungen und Targets in einem so genannten Drug-Target-Disease Network (vgl. Pfeil 4). Hier werden die jeweiligen Konzepte als Knoten und ihre Assoziationen als Kanten dargestellt. Die Zahlen an den Kanten geben dabei an, wie viele Dokumente aus der Literatur die jeweilige Assoziation stützen. Ein Klick auf eine Kante löst eine entsprechende Suche im Narrativen Service aus, damit Sie die Literatur jederzeit sichten können. Klicken Sie auf einen Knoten im Netzwerk, so werden die Assoziationen zwischen dem angeklickten Knoten und dem bereits vorhandenen Netzwerk eingeblendet. Möchten Sie z.B. Erkrankungen ausblenden, so können Sie diese im linken oberen Bereich der Netzwerke ausblenden. 

Wirkstoff-Aspekte

Weiter unten in den Drug Overviews werden verschiedene Aspekte der Wirkstoffe zusammengetragen (vgl. die Pfeile 5). So werden beispielsweise in der ersten Box mögliche Indikationen des Wirkstoffs angezeigt. In unserem Beispiel ist die erste Gruppe Diabetes Mellitus, die von 4546 Dokumenten aus der Literatur (siehe kleine blaue Box) gestützt wird. Die römische Ziffer "IV" zeigt an, dass die Behandlung dieser Erkrankung mit Metformin sich in der klinischen Phase 4 (basierend auf ClinicalTrials.gov) befindet. Ein Klick auf eine der beiden Zahlen leitet Sie dann zu der entsprechenden Quelle weiter: Entweder werden Sie zu einer entsprechenden Literatursuche im Narrativen Service weitergeleitet oder zu einem Eintrag in ClinicalTrials.gov für die klinische Phase.  

Weitere Aspekte umfassen Darreichungsformen (Administration), Target-Interaktionen, angewendete Labormethoden, untersuchte Spezies, untersuchte menschliche Zielgruppen (HealthStatus), Drug Assoziationen und Interaktionen sowie unerwünschte Wirkungen und Wirkungen auf Gewebe. 

Damit Sie nicht jede Box händisch durchsuchen müssen, befindet sich im rechten oberen Bereich jeder Box eine Suchleiste, mit der Sie die Box filtern können (bspw. "Diabetes"). Ebenfalls können Sie jederzeit die Sortierung der einzelnen Boxen anpassen.  

 Unterhalb der letzten Box werden Ihnen die neusten Veröffentlichungen zu dem gesuchten Wirkstoff angezeigt.  

• Das Webdesign der PubPharm Rechercheplattform ist responsiv. Das bedeutet, die Webseite wird auf verschiedenen Endgeräten - vom Smartphone bis zum Desktop PC - gut dargestellt.
• Egal von welchem Endgerät aus Sie suchen, es lassen sich sämtliche Tools und Funktionen, wie die Drug Overviews, Filter, Merklisten und Exportfunktionen nutzen. Die einzige Ausnahme bildet die Struktursuche.
• Zu beachten ist, dass bei verschiedenen Endgeräten die Layout-Anordnung der einzelnen Elemente z.T. unterschiedlich ist. Zum Beispiel sind die Infoboxen in der Ansicht für Desktop PC in einer Spalte angeordnet, während sie in der Smartphone-Ansicht untereinander zu finden sind.

Über aktuelle Entwicklungen im FID Pharmazie informieren der PubPharm Blog sowie Beiträge auf Twitter/X, Mastodon und im LinkedIn-Account. Informationsmaterialien, u.a. aktuelle Handouts, Flyer und Video-Tutorials, können hier abgerufen werden. Das PubPharm Quiz bietet zudem die Möglichkeit, die PubPharm-Funktionalitäten (mit Lösungsvorschlägen) an Beispielen zu testen.

PubPharm und alle weiteren FID-Services werden kontinuierlich weiterentwickelt und optimiert. Fragen, Anregungen, Wünsche oder sonstige Rückmeldungen sind immer willkommen! Sie erreichen das FID-Projektteam folgendermaßen:

• Über Kontakt
• Per E-Mail: pubpharm [at] tu-braunschweig.de
• Per Telefon: 0531 / 391 5046 oder -5003
• Per Brief oder persönlich: Fachinformationsdienst Pharmazie, Universitätsbibliothek Braunschweig, Universitätsplatz 1, 38106 Braunschweig